Die Geschwindigkeit der HDD ist völlig unabhängig davon, wie die Dateien in deiner Ordnerstruktur angeordnet sind - die Ablage der Daten auf den Plattern ist physikalisch die gleiche, egal ob du jetzt 100 Dateien in einem Ordner hast oder 10 Dateien in 10 Ordnern. Die Daten sind auf der festplatte ja nicht in Ordnern oder so abgelegt, das ist nur die Ansicht (eine mögliche von vielen) für den Benutzer!
Man sollte nur vermeiden, extrem große Dateimengen in einem einzelnen Ordner zu haben (also mehrere Tausend). Da wird zwar die festplatte immer noch ncht langsamer, das Betriebssystem/Dateisystem wird dann aber ineffizienter weil die Inhaltsverzeichnisse sehr groß werden.
Dafür gibts andere Arten von Systemen (Datenbanksysteme) die anders organisiert sind und auch mit 50 Millionen Dateien in einem Verzeichnis super klar kommen. Die Festplatte darunter macht dabei immer noch dasselbe.