Mir sind keine Unterschiede bekannt, aber es gibt Vor- und Nachteile.
Eine Dual-GPU-Karte lässt sich z.B. nicht trennen, während man bei richtigem CF/SLI jede Zeit die 2-te Karte entfernen kann, wenn man wenig spielt, eine Karte kaputt geht oder man eine Karte verkaufen will. Eine Dual-GPU-Karte braucht dagegen nur einen PCI-E Steckplatz. Das ist gut, wenn man z.B. ein Boad mit P45 Chipsatz und nur einem PCI-E Steckplatz hat.