Xournal selbst sollte die Funktion haben und was ich noch viel mehr empfehle ist die Einstellung bei Windows direkt zu nutzen unter den Stiftoptionen.
Xournal (0.4.8) hat es bei mir auf dem Surface Pro 2 unter Win 10 nicht, da gibt es nur eine ausgegraute Option zur Nutzung von XInput (das dürfte wohl für Linux gedacht sein).
Das Windows-Readme "fordert" dann ähnliches wie Deine Empfehlung. Davon halte ich aber nichts, mein Tablet muss auch per Touch bedienbar sein, ohne das ich jedesmal umschalten muss. Bei Dauernutzung des Tablets nur als Notziblock mag das aber praktikabel sein.
GTK+, auf dem Xournal besiert, kennt den Stylus als eigenständiges Eingabegerät wohl erst seit Version 3.24, die 06/2018 veröffentlicht wurde. Linux halt, von Touch/Stift hält man da immer noch nichts, braucht man ja auch am Server nicht.
In einem richtigen Windows-Programm kann man problemlos zwischen Stift, Touch und Maus unterscheiden, und das mind. seit Win 8.1. Für die wenigen Gelegenheiten, bei denen ich sowas nutzen würde, war ich bisher nur zu faul, mir ein Programm dazu zu schreiben.
Die auf der Seite von Xournal verlinkten "Alternativen" sind leider alles Java- oder konvertierte Linux-Programme, die ähnlich alt sind und teils auch auf GTK+ basieren.
OneNote war zumindest bei Office 2016 komplett lokal nutzbar, danach kenne ich es nicht mehr. Da meine Daten mir gehören und ich sehr oft in Gegenden unterwegs bin, in denen noch nicht einmal 3G verfügbar ist, muss alles lokal sein.
An Stelle von Falby würde ich mir die drei von Dir genannten Apps/Programme einfach mal selber ansehen, u.U. noch Kommilitonen fragen und dann die Hardware/OS Entscheidung treffen. So ein 12" Display hat durchaus seinen Reiz zum Lesen und Kommentieren von A4-PDFs. Im Zweifel muss man sich im Windows-Store nach kostenpflichtigen Apps umsehen (z.B. Drawbaord PDF).
Oder man kommt gar mit Edge und seinen Kommentarmöglichkeiten für PDFs aus. (vieleicht sollte ich mir einfach ein PDF mit ein paar leeren Seiten erstellen).