Willkommen zurück im Archiv von Zion.
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Wie in Teil 2 bereits erwähnt, gab es in der Vergangenheit Krieg zwischen den Oligarchen. Dieser Krieg hat Einfluss auf die nun folgende Handlung. Damit es hier jetzt nicht zu verwirrend wird, werde ich das Ganz hin und her simpel halten.
Im Spiel gibt es zwei Oligarchen welche quasi Rivalen sind. Zum einen wäre da Halborn und zum anderen Carlyne. Halborn sein Ziel ist realtiv klar: Er will das BSP haben. Untersützt wird er dabei später vom Merowinger.
Carlynes Ziel ist nicht so ganz klar. Zum einen ist er der Rivale von Halborn, und zum anderen ist er Mitglied des Widerstands. Also Zion.
Carlyne entdeckt durch einen Zufall beim durchsehen von Logs in Zero One die Existenz von Neo und Trinity in der realen Welt. Das ist quasi am Ende von Matrix Revolutions. Er findet heraus, das Neo "gelöscht" werden soll. Trinity, deren Körper beim crash des Hovercrafts gestorben ist, wird von den Maschinen aufgespürt, und ihr Code gerettet. Ab diesem Zeitpunkt ist sie ein Programm. Carlyne ist fasziniert von dem Trinity-Programm und "verhandelt" mit den Maschinen über die Herausgabe. Hier kommen wieder die vor langer Zeit implatierten Kontrollroutinen zum Einsatz.
Es gelang ihm das Trinity-Programm zu bekommen. Es blieb aber trotz größter Vorsicht nicht lange unbemerkt. Halborn erfährt davon, und sieht darin die größte Chance für sich und die Oligarchen. Damit könnte man den ultimativen Körper erschaffen. Maschinencode in der DNS, komplett Menschlich und alle Schnittstellen in Programme und Maschinen die man sich nur wünschen kann. Halborn dämmert so langsam auch, das etwas nicht stimmen kann.
Er stellt zwei Vermutungen an:
1. Evtl. verlieren die Maschinen die Kontrolle über die Matrix?
2. Evtl. haben die Maschinen einen Plan, von denen die Oligarchen nichts wissen?
Das er mit beiden Punkten richtig lag, konnte er nicht ahnen. Er tritt Deus Ex Machina gegenüber und verlangt eine Erklärung. Die Maschinen aber streiten alles ab. Schlimmer noch, sie behauten das Trinity und Neo Terroristen sind über die Zero One keine Kontrolle mehr hat. Terroristen, welche es mit einer Lücke im System und dem passenden Hack dazu geschafft haben, aufzuwachen.
Halborn glaubt den Maschinen nicht, und reist selbst in die Matrix um der Sache auf den Grund zu gehen. Was er nicht weiß: Carlyne ist ebenfalls dort. Ein Konflikt entbrennt, welcher das Ende der Matrix bedeutet könnte.....
Ende der Aufzeichnung
Quellen: The Matrix Wiki, Reddit, Eigene Spielerfahrung, Hardline Dreams, YouTube uva.
Und natürlich auch meinen Dank an @Painkiller für die interessanten Hintergrundinfos 
