Im alltäglichen Betrieb stehen die mATX Boards den größeren Varianten in nichts nach. Lediglich die Montage ist oft ein wenig frickeliger, weil einige Bauteile (Sockel, RAM-Steckplätz, Strom-Stecker, etc) näher aneinander liegen. -Die Zugänglichkeit ist jedoch auch stark vom Gehäuse abhängig.
Sofern du den Rechner aber nur ein mal zusammenbaust und dann wie ein ganz normaler Mensch benutzt wirds nicht stören ;D