Muss jeder für sich selbst entscheiden. Die M.2 ist dann halt auf dem Board, daher sind keine Kabel notwendig --> sieht aufgeräumter aus, Airflow sollte im Gesamtsystem besser sein, etc.
Ob das für dich ausschlaggebend ist, kann dir ohne weitere Angaben keiner beantworten. Das hängt auch davon ab, was du für ein Gehäuse hast und was sonst noch an Datenträgern zum Einsatz kommt bzw. ob eine 2,5"-SSD schon zu Platzproblemen führt.