Ubuntu installiert (so war es jedenfalls früher, denke mal da hat sich nix geändert) den Bootmanager Grub mit, bei mir gab es mit Win XP keien Probleme, nach der Ubuntu Install auf eine eigende Partition wurde beim starten halt erst Grub gebootet, dort konnte man dann auswählen welches System er starten soll. Ändern musst du da eigentlich nix, bei mir hat er automatisch die Linux Partition aktiv gesetzt.