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Nope. Gar nichts. Ist ja die gleiche Karte, nur von einem anderen Boardpartner. Der einzige Unterschied ergibt sich aus dem werkseitigen Takt. Und ans Übertakten kannst du dich mit der einen machen, wie mit der anderen. Wie weit man dabei kommt hängt von der Chipgüte ab. Da kann man immer Glück oder Pech haben.
Edit: es sind halt verschiedene Kühllösungen, aber sowohl mit der von Asus, als auch mit der Variante von MSI kannst du nix falsch machen.