Wenn da schon der Tisch vibriert, würde mich das unglaublich Nerven. Mein PC steht auch direkt neben mir auf dem Tisch.
Um Vibrationen zu vermeiden habe ich ja damals auch normale Festplatten aus dem PC verbannt.
Schäden solltest du, wenn die Hardware ordentlich verbaut ist, nicht erwarten. Aber wenn die Lüfter der Grund sind, sollte man vielleicht darüber nachdenken, diese vom Gehäuse zu entkoppeln.