Zudem arbeitet CrystalDiskMark auf Dateisystemebene. Die Ergebnisse sind als auch abhängig vom Füllstand und der Fragmentierung der Platte und somit der Position und Fragmentierung der Testdaten. HDDs arbeiten im vorderen Bereich deutlich schneller als im hinteren. Um einen fairen Vergleich durchzuführen, müssen gleiche Bedingungen herrschen. Andernfalls sind die Ergebnisse nicht direkt vergleichbar. Einfach geht ein simpler Leistungsvergleich mit einem Low-Level-Benchmark, wie z.B. HD-Tune. Dieser arbeitet nicht auf Dateisystemebene, weshalb die Fragmentierung und der Füllstand der Platte unerheblich für das Ergebnis sind. Die Freeware von HD-Tune ist allerdings schon sehr alt und unterstützt maximal 2 TB Platten. Bei Festplatten mit mehr als 1 TB wird auch noch die mittlere Zugriffszeit falsch ermittelt. Das sollte man im Hinterkopf behalten, wenn man dieses Tool nutzt oder man verwendet gleich die Testversion von HD-Tune Pro, die diese Einschränkungen nicht hat.