100% CPU Usage Xeon L5520 - Fehlersuche

[Kreuzritter]

Hallo zusammen,
bin grade ein wenig verzweifelt weil ich hier seit nunmehr schon 3 Tagen versuche meinen Rechner wiederzubeleben

System (fürs 3D Rendern):
Intel S5520SC - dual Socket
Xeon L5520
4x4GB ECC 1066 Transcend
Radeon x1800XT
- den Rest hab ich zum testen mal rausgelassen

Also Problem:
beim Grafikkartentausch ausversehen an zwei Pins auf dem MB gekommen und Netzteil nicht ausgeschalten gehabt -> jaaa ihr dürft mich jetzt prügeln

Fehler:
In Windows 7 habe ich alle 3sek. im Taskmanager einen 100% Leistungspeak der angeblich vom Systemprozess kommt -> unmöglich zu arbeiten

Bisher getauscht:
Mainboard
Netzteil
CPU

Ram habe ich memtest86 drüberlaufen lassen ohne Problem
Windows 7 x64 etwa 10mal neuinstalliert

Seltsam:
Habe zum testen mal Ubuntu installiert gehabt und dort lief alles Fehlerfrei...

Vermutung:
- Habe eine neuere Version von Windows als bei der letzten Installation, irgendein Standart-Treiber beißt sich mit meiner Hardware ?
- Grafikkarte ? (WTF ?!)

Frage:
Weis irgend jemand wo das Problem liegen könnte ?