Bist du sicher, dass dein iPhone von Apple ist?
Was für eine Filestruktur meinst du und seit wann kann man die Bilder auf dem Gerät ohne iTunes nicht löschen?
Wenn du das iPhone einfach an den PC schließt, wird es von Windows im Normalfall als Kamera erkannt. Wenn man nun mithilfe des Windows Explorers darauf zugreift und Bilder so auf das Gerät schiebt, sind sie zwar dort im Foto Ordner vorhanden, man kann sie aber nicht mehr direkt vom Gerät löschen. Ebenso kann es durch Apples Verschlüsselung dazu kommen, dass das nächste mal, wenn man es an den PC schließt, man diese Fotos nicht mehr vorfindet und nun der einzige Weg sie zu löschen darin besteht, das iPhone neu aufzusetzen.
Um das nochmal klar zu stellen, ich spreche hierbei aus Erfahrung (iPhone 3GS, iPhone 4S & iPod Touch 4).