Bei mir exakt dasselbe Problem mit sehr ähnlichem System, seit ich eine Samsung 970 EVO Plus M2 SSD draufhabe. Vorher mit einer SATA SSD und ansonsten identischem System lief alles immer wie geflutscht. Offensichtlich stottert das Lesen der Daten von der M2 SSD, da alle Programme und der Windows Explorer genau gleich betroffen sind, sprich, ALLES, was geladen wird, 'stottert', bzw. wird sehr zögerlich geladen. CPU last ist absolut unauffällig. RAMs laufen seit Jahren problemlos und das System ist ansonsten stabil. Wie schon vom TE geschrieben: WENN er läuft, dann läuft er, und dies stundenlang ohne jedes Problem, wenn er stottert, tut er dies von Beginn weg, d.h. unmittelbar nach dem Aufstarten, und das hört dann auch nicht mehr auf. Wenn ich das nicht in den Griff bekomme, werde ich wohl ein anderes Mainboard kaufen, und dieses auf jeden Fall von einem anderen Hersteller. Eine Neuinstallation von Windows mit den gleichen Komponeten bringt gemäss TE ja offenbar nix.
Ich tippe selber auf ein Problem im Bereich 'Mainboard (M2 Controller oder was auch immer) - Samsung M2 SSD - NVMe Treiber ........'. Habe jetzt mal den Samsung NVME Treiber neu installiert. Wenn das nix bringt, werde ich den mal deinstallieren und auf den Windows Treiber wechseln.
Nachtrag vom 3.4.20: Neuinstallation ('Drüberbügeln') des Samsung NVME-Treibers scheint bei mir das Problem gelöst zu haben. Sprich: seither läuft der PC wieder perfekt (bisher ca. 10 Kaltstarts).