1. Wenn man weiß, was der Kompiler macht, schreibt man tendenziell besseren Code und wird auf Probleme aufmerksam. So werden z.B. Ringabhängigkeiten schnell aufgedeckt, wenn man selber ein Makefile schreibt. Wenn du Code kompilieren willst, der Fehler enthält, kann manuelles Kompilieren auch bei der Fehlersuche helfen. (Bei welchem Compileschritt tritt das Problem auf? Welche Dateien sind genau betroffen? …)
2. Manuelles Kompilieren lernt man durch manuelles Kompilieren. Es könnte sein, dass ein ursprünglich benutztes IDE in ein paar Jahren gar nicht mehr üblich ist, du alten Code aber weiter nutzen willst. Dann musst du manuell kompilieren.Oder du bekommst ein Programm, dass mit NetBeans entwickelt wurde, willst aber NetBeans nicht installieren. Dann lädst du den Code, rufst den Compiler auf, fertig. (Es reicht ja schon, wenn ein Programm mit VS 2005 erstellt wurde, du aber VS 2010 hast. Das VD2005-Projekt läuft im VS2010 nicht so ohne weiteres.)