Es kommt immer ganz darauf an mit welchen Temperaturen diese Ausgänge geregelt werden, denn manche Boards haben dazu auch noch ein Anschluss für ein Temperatursensor um auch nach Wassertemperatur regeln zu können. Aber das jetzt von mir aus der Theorie, da ich solche ein Board noch nie hatte und es mir nicht 100% bekannt ist. Ansonsten kann es auch sein das solch ein Anschluss über mehr Watt oder Amper verfügt, da Pumpen meist auch mehr davon ziehen.

Im Grunde kannst du da nichts groß was falsch machen, 3-Pin passen auch auf 4-Pin, musst aber dann auf DC umstellen.
4-Pin kannst du als PWM laufen lassen und Sata ist klar, ist für Laufwerke oder manche Pumpen beziehen hiervon die Spannung.